提速近10倍！基于深度学习的全基因组选择新方法来了******

　　近日，中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用，将助力深度学习在全基因组选择中的应用，为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》上。

　　全基因组选择作为新一代育种技术，通过构建预测模型，根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择，从而缩短育种世代间隔，加快育种进程，节约成本，推动现代育种向精准化和高效化方向发展。

　　统计模型作为全基因组选择的核心，极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型，难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。

　　相较于传统模型，非线性模型（如深度网络神经）具备分析复杂非加性效应的能力，人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机，深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。

　　该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料，通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。

　　与其他五种主流预测方法相比，该方法有以下优点： 可以利用多组学数据开展全基因组预测；算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构，可以有效降低模型错误率，提高运行速度；预测精度稳健，在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当，在大规模数据集上预测优势更加明显；计算时间与传统方法相近，比已有深度学习方法提速近10倍；超参数调整对用户更加友好。

　　该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

重庆设立自然科学基金创新发展联合基金******

　　每年投入不低于4000万元

　　重庆设立自然科学基金创新发展联合基金

　　科技日报讯（记者雍黎）2022年12月31日，重庆市教委与重庆市科技局在西部（重庆）科学城签订战略合作协议，同时，双方签订共同出资设立重庆市自然科学基金创新发展联合基金（以下简称联合基金）协议，每年共同投入不低于4000万元，支持高校基础研究。

　　“此次与重庆市教委成立联合基金，可以说是在全国率先设立了省级联合基金。”重庆市科技局相关负责人表示。

　　据了解，重庆市在2021年9月修订出台了《重庆市自然科学基金项目管理办法》，明确提出设立创新发展联合基金项目；去年6月《重庆市自然科学基金创新发展联合基金项目管理办法（试行）》正式印发，进一步明确了该类项目的组织管理方式。

　　据介绍，重庆市教委与重庆市科技局设立联合基金，将聚焦前沿、交叉、新兴领域，突出原始创新，鼓励自由探索，聚焦智能科技、生命科技、低碳科技等重点领域，重点支持优秀人才团队和全国重点实验室、国家应用数学中心、重庆实验室、重庆市重点实验室、基础学科研究中心、教育部科研创新平台、重庆市高校高水平实验室等创新平台，实现前瞻性、引领性、原创性重大成果突破，推动重庆市高校学科建设和人才培养，更好地支撑引领科技创新和服务重庆市经济社会高质量发展。

　　根据协议，2023年至2025年，双方每年分别安排经费不低于2000万元投入联合基金，每年合计不低于4000万元。该负责人介绍，联合基金项目面向全市高校公开申报、公平竞争，以重点项目形式予以资助，每个项目资助强度为50万—100万元。项目资助资金一次性拨付至项目依托单位后，实行“包干制+负面清单”管理，并统一纳入绩效监督管理。

　　据悉，此次签订战略合作协议，双方还将在强化高校战略科技力量建设、开展前沿科技和重大科研联合攻关、推动高校科技成果转移转化、推动国际科技交流合作等多个领域全面深化战略合作。